Расследование, которым занималось Главное следственное управление Следственного комитета России по СКФО, завершено. Исмаилов обвиняется в участии в преступном сообществе (ч. 2 ст. 210 УК РФ), в незаконном обороте оружия и взрывчатых веществ (ч. 3 ст. 222), совершении теракта, повлекшем человеческие жертвы (п. «б» ч. 3 ст. 205), и применении опасного для жизни и здоровья насилия в отношении представителя власти (ч. 2 ст. 318). 
Как сообщает официальный сайт Следственного комитета России, Исмаилов, руководствуясь мотивом необходимости ведения вооруженной борьбы против российской государственности на Северном Кавказе, местных органов власти и российских силовых структур посредством нападений на граждан и организации, с октября 2010-го по июнь 2012 года принимал участие в религиозно-экстремистской организованной группе под названием «Шамхальский сектор», входящей в состав преступного сообщества под названием «Вилаят Дагестан». Как передает ведомство, в составе преступного сообщества Исмаилов принял участие в теракте 3 мая 2012 года около стационарного поста ГИБДД, расположенного по улице Каммаева в Махачкале.
При задержании, как сообщает СКР, подозреваемый оказал сопротивление сотрудникам полиции УМВД России по Махачкале, однако уже под стражей заключил досудебное соглашение о сотрудничестве. «Следствием собрана достаточная доказательственная база, в связи с чем уголовное дело с утвержденным обвинительным заключением в ближайшее время будет направлено в суд для рассмотрения по существу», — информирует Следственный комитет.
Напомним, год назад, сразу после теракта, правоохранительные органы заявляли, что исполнителями преступления могли являться брат и сестра Ризван и Муслимат Алиевы, а в качестве организаторов выступили главарь махачкалинских боевиков 24-летний Гусейн Мамаев и трое членов бандгруппы — 24-летний Руслан Казанбиев, 27-летний Расул Меджидов и 23-летний Курбан Омаров.