Согласно Указу Президента РФ от 3 августа Эдуард Кабурнеев назначен первым заместителем Председателя Следственного комитета Российской Федерации.

В октябре 2013 года Эдуард Кабурнеев возглавил Управление СК по Республике Дагестан.

В марте 2017 года Эдуард Кабурнеев был назначен начальником Главного следственного управления СК России.