По некоторым данным, вернувшись со сборов в гостиничный номер, Басалаев решил свести счеты с жизнью и попытался застрелиться — в номере оперативники обнаружили травматический пистолет, две стреляные гильзы и две резиновые пули. А после неудавшейся попытки повесился в ванной комнате. 
В настоящее время ростовские следственные органы проводят доследственную проверку. В качестве основной — предварительной — версии следствие называет суицид: при осмотре места происшествия была найдена предсмертная записка с объяснениями причин поступка, следы присутствия в номере посторонних лиц не обнаружены, а также нет свидетельств насильственного характера смерти.
«Связывать добровольный уход из жизни Басалаева с его служебной деятельностью, думаю, нет оснований, — сообщил корреспонденту «НД» помощник председателя Махачкалинского гарнизонного военного суда Уллубий Исаев. — Ни в Махачкалинском военном гарнизонном суде, ни во время сборов в Ростове-на-Дону каких-либо серьезных замечаний к нему и его работе у руководства не было. Кроме того, во время работы судьей и заместителем председателя суда, дела, имеющие повышенный общественный резонанс, и дела категории особой тяжести Басалаевым не рассматривались. К тому же с начала этого года он в основном занимался аналитической работой».
Коллеги вспоминают о погибшем как о спокойном, уравновешенном, положительном человеке. До перевода в Махачкалу Басалаев работал в Грозненском гарнизонном военном суде.
Содержание найденной при погибшем предсмертной записки ростовские следователи не разглашают. По неофициальным данным, причиной самоубийства могли стать финансовые проблемы, возникшие у судьи после краха банка «Экспресс». По словам источника, близкого к погибшему, Юрий Басалаев хранил в банке «Экспресс» свои сбережения, которые собирал на покупку квартиры для своей матери, проживающей в Баку. «После того как банк обанкротился, Юрий Басалаев стал искать всевозможные пути и варианты для возврата своих денег, но, скорее всего, его средства никак не подпадали под страховой случай и надежды вернуть свои деньги у него уже не осталось», — предположил собеседник.