Еще в 2011 году в ходе проверки были выявлены финансовые нарушения при использовании бюджетных средств на сумму 1,503 млрд руб. Сегодня дело, возбужденное в отношении ГУП по части 2 статьи 201 (злоупотребление полномочиями, повлекшее тяжкие последствия) УК РФ, расследует Главное управление Следственного комитета СКФО. Руководство «Новостроя» обвиняют в завышении стоимости выполненных работ и несоблюдении сроков строительства. 
Как утверждает Мандиев, он действовал, как того требовал закон:
— В 2011 году, когда я приступил к работе, были отменены торги на более чем 5 млрд рублей, — говорит руководитель ГУП. — В том же году в силу вступил федеральный закон об электронных торгах. Торги были отменены, так как в бюджете было заложено только 2,7 млрд рублей, тогда как заявлялось более 5 млрд. Мы подготовили необходимую документацию и снова провели торги, где средняя стоимость квадратного метра жилья составляла 36,5 тысячи рублей. Эти цифры были вполне обоснованы. Мы начали строить дома, и чтобы финансировать работы, подписывается соглашение между республикой и Минрегионом. Первое соглашение было подписано в марте 2011 года, где нет ни слова о стоимости квадратного метра. Второе, дополнительное соглашение было заключено в августе, третье — в декабре. Мне, как руководителю организации, не могло присниться, что к концу года будет принято новое соглашение. По последнему соглашению Минрегион хочет, чтобы республика достигла показателей 117 тыс. кв. м вместо указанных 64, но мы построили 77 тысяч кв. м.
Отсюда, как заверяет Мандиев, и получилось, что сроки сдачи жилья не были соблюдены.
Комментировать, озвученную недавно президентом РД информацию, что у руководства «Новостроя» за приостановление дела правоохранители вымогали деньги, руководитель отказался: «Он президент, ему виднее».