Преступление было совершено поздно ночью, когда Абдулла Гаппаев возвращался домой. Последним, кто видел его живым, был его друг Расим Ибаданов. «В тот вечер Абдулла гостил у меня дома, — рассказал Ибаданов корреспонденту «НД». — Он обладал обширными исламскими знаниями, и я его пригласил, чтобы он разъяснил мне один вопрос. Наша беседа затянулась допоздна, и я настоял на том, чтобы отвезти его домой на своей машине. Вместе с нами ехал еще один знакомый, поэтому, чтобы не задерживать нас, Абдулла попросил высадить его на трассе. Расстояние от этого места до его дома небольшое — меньше ста метров. Мы договорились, что я заеду к нему на обратном пути, чтобы забрать необходимые вещи. Когда же я заехал к нему во двор, то увидел, что Абдулла лежит в луже крови». 
Оперативники насчитали на месте преступления 25 гильз калибра 5,45 мм. Гаппаев получил множество огнестрельных ранений и находился в сознании, однако рассказать о том, кто в него стрелял, не смог. Приехавшая машина «скорой помощи» увезла его, но врачи не успели ему помочь — через несколько минут по прибытии в больницу 37-летний Абдулла Гаппаев скончался.
По словам его друзей, он занимался общественной и религиозной деятельностью в Кизляре, а также принимал активное участие в акциях, проводимых общественной организацией «Союз справедливых». «Он помогал нам в проведении празднеств, посвященных Ураза-Байраму, и ифтаров (разговение, вечерний прием пищи во время месяца Рамадан. — «НД»), а также в организации митингов против произвола силовых структур,— говорит активист Союза справедливых Билял Магомедов. — Но на публике его практически не было видно. Он не выступал на наших митингах (Союз справедливых в 2011—2013 годах провел несколько протестных акций в Махачкале, среди которых и митинг у Русского драмтеатра 25 ноября 2011 года, собравший несколько тысяч человек. — «НД»). Его убийство можно назвать и общественным, и политическим, но для мусульман, это, в первую очередь, религиозное убийство. Он был единомышленником нашего союза, который считает, что мусульмане должны участвовать в общественно-политической жизни республики, выходить на митинги и требовать соблюдения своих прав».
Следствие в качестве одной из основных версий убийства Гаппаева пока называет личные неприязненные отношения. Знакомые же Абдуллы Гаппаева говорят, что он не был конфликтным человеком и отличался терпеливостью. «Врагов у него не было. И говорить о мотивах преступления в отношении Абдуллы сложно. Убийца либо безумец, либо ему не нравилась общественно-религиозная деятельность Гаппаева», — отметил Ибаданов. В то же время близкие Гаппаева говорят, что Абдулла подвергался давлению со стороны правоохранительных органов. По словам его друзей, он был среди десятка задержанных 27 апреля этого года в ходе беспорядков на посту у въезда в Кизляр. Полицейские тогда сообщили, что пресекли попытку проведения в городе несанкционированного мероприятия членами экстремистской организации, а сами задержанные утверждали, что они ехали в свадебном кортеже с исламскими флагами. Многие тогда получили административный арест, а в отношении четырех человек, среди которых и лидер Союза справедливых Мухаммад Карташов, возбуждены уголовные дела. «Всех четверых обвиняют в том, что они якобы применили в отношении полицейских насилие, не опасное для жизни или здоровья, — рассказал корреспонденту «НД» заместитель председателя Союз справедливых Мухаммад Магомедов. — Однако неделю назад к Абдулле попали видеозаписи происшествия 27 апреля у кизлярского поста. Эти записи могут доказать невиновность арестованных. При замедленном просмотре видео видно, как полицейские избивают самого Карташова и других участников той свадьбы. Про эти доказательства он рассказал только узкому кругу своих знакомых, но, видимо, про них узнали и другие. По нашему мнению, наличие у него этих видеозаписей и могло стать причиной убийства Абдуллы».