В дежурной части отдела полиции «обнаружение» у Магомедова наркотического вещества, гранаты с запалом, пистолета и патронов было зафиксировано на основании рапорта оперуполномоченного Кельбиханова. Полицейский сообщает, что им «совместно с сотрудниками ЦПЭ МВД по РФ, УФСБ РФ по РД, о/у ОГ ВОГОиП примерно в 15.30» был остановлен автомобиль с «подозрительным» водителем, при доставлении в отдел у которого в ходе личного досмотра было изъято все вышеупомянутое.

13 мая следователь Чочаков обратился в Советский районный суд Махачкалы с ходатайством об избрании в отношении Магомедова меры пресечения в виде заключения под стражу. Основанием указаны «общественная опасность и значимость совершенного преступления, возможность воспрепятствования установлению истины по делу, занятия преступной деятельностью, возможность скрыться от следствия и суда». Применение более мягкой меры пресечения в отношении Магомедова следователю Чочакову не представлялось возможным.

Заместитель председателя суда Валида Мукаилова избрала в отношении Магомедова меру пресечения в виде заключения под стражу до 22 мая, а в случае предъявления обвинения — по 10 июля 2016 года. На это постановление подана апелляционная жалоба в Судебную коллегию по уголовным делам Верховного суда РД, на протокол судебного заседания — замечания. Защита Магомедова считает, что следователь не привел конкретных и фактических доказательств, подтверждающих обоснованность ходатайства. 

Уголовное преследование Магомедова вызвало определенный общественный и информационный резонанс — он широко известен как среди прихожан мечети, жителей Дагестана, так и среди пользователей сети Интернет и журналистов. Страница Магомедова в социальных сетях «Мухаммад Абу Хамза» имеет около 6 тысяч контактов и подписчиков. Кроме того, он публиковал новости о деятельности мечети на ее официальной странице «Джума-мечеть на Омарова». Многие журналисты, в том числе и иностранные, эксперты, посещавшие Махачкалу, встречались с Магомедовым для обсуждения ситуации вокруг мечети и в Дагестане в целом.

Магомедов активно участвовал в общественной жизни, круглых столах, посвященных профилактике экстремизма, проводил серьезную разъяснительную работу с молодежью по предотвращению и исправлению радикальных убеждений. В своей деятельности следовал мнению признанных исламских ученых, встречался с руководством как муфтията Дагестана, так и с муфтиями регионов России, выступал за решение возникающих проблем исламской общины в рамках имеющихся законов.

По мнению представителей мечети, попытки представить Магомедова как одиозного приверженца «религиозного экстремизма» выглядят надуманными: его убеждения широко известны, деятельность на виду, а руководство мечети «Тангъим» публично выступало с позиций осуждения терроризма и несогласия с идеями запрещенного в России так называемого ИГИЛ, чему свидетельством — публикации в печатных и интернет-изданиях.

Устранение Магомедова с поля общественной деятельности как раз на руку приверженцам радикальных идей и экстремистам, угрозам со стороны которых подвергался Магомедов из-за своей просветительской деятельности и информационной активности.

Магомедов не испытывал ненависти к сотрудникам полиции — он ни разу не привлекался к уголовной ответственности, был законопослушным гражданином: дедушка Магомедова, Алаутдин Магомедов, долгое время работал в системе МВД СССР, был начальником милиции Магарамкентского, Хивского, Агульского районов — его портрет висит в музее МВД; жена Магомедова — дочь погибшего сотрудника МВД РД.

Знакомые Магомедова считают, что своей активной гражданской позицией по отстаиванию повсеместно и регулярно нарушаемых прав верующих, снятию с «профилактического» учета и освещению массовых задержаний прихожан, борьбой с произволом полицейских он более всего мешал не всем, а именно злоупотребляющим своими возможностями сотрудникам полиции. Со стороны УСБ МВД РД ведется проверка по заявлению прихожан мечети о вторжении пьяных полицейских в мечеть «Тангъим» — заявление было подано еще 13 апреля. Этой ситуацией, как и многими другими вопросами нарушений со стороны «силовиков», как раз и занимался Магомедов.