Исмаилов обвинялся в участии в преступном сообществе (часть 2 статьи 210), в незаконном обороте оружия и взрывчатых веществ (часть 3 статьи 222), совершении теракта, повлекшем человеческие жертвы (пункт «б» части 3 статьи 205), и применении опасного для жизни и здоровья насилия в отношении представителя власти (часть 2 статьи 318).
По данным следствия, Исмаилов приобрел два автомобиля, которые предназначались для совершения теракта и были взорваны 3 мая 2012 года. В результате взрывов погибли 14 человек, пострадали более ста.
Исмаилов признался в совершении преступлений и заключил со следствием досудебное соглашение. Учитывая это, суд назначил ему 16 лет исправительной колонии строгого режима и штраф в 100 тысяч рублей.