Расследование уголовного дела длилось почти четыре года и несколько раз даже было на грани развала. Через полгода после убийства Адильгерея Магомедтагирова, в феврале 2010 года, были задержаны пять подозреваемых в преступлении — трое военнослужащих горнострелковой бригады, дислоцированной в селении Ботлих Ботлихского района, и два жителя Ботлиха. Двое сельчан сейчас находятся под подпиской о невыезде. 
В ноябре 2011 года суд в особом порядке рассмотрел дела в отношении прапорщиков Дмитрия Долгих и Сергея Жилина и приговорил их к 6 и 3,5 годам колонии строгого режима соответственно. Однако главным фигурантом дела является Андрей Резанов, который, как считает следствие, был исполнителем убийства Адильгерея Магомедтагирова.
Два года Резанов не признавал свою вину и отрицал причастность к преступлению. Его адвокаты говорили о наличии у их подзащитного «железного», неопровержимого алиби, доказывающего его невиновность. Резанов, заявляла защита, не мог совершить этого преступления, так как находился в момент убийства в своем родном городе Пензе.
Два года суд продлевал главному подозреваемому меру пресечения в виде ареста, однако затем сменил ее на подписку о невыезде. Вскоре после этого Резанов заключил досудебное соглашение о сотрудничестве со следствием и признался в совершении преступления.
В суд его дело было передано в мае. Резанову инкриминировались преступления, предусмотренные статьями 105 (убийство), 30-105 (покушение на убийство), 226 (хищение оружия), 222 (незаконный оборот оружия) и 167 (умышленное уничтожение или повреждение имущества) УК РФ.
Рассмотрение дела было назначено на 18 июня, однако в связи с тем, что один из потерпевших по состоянию здоровья не мог принять участие в судебном заседании, оно было перенесено на 25 июня. Прокурор просил судью об особом порядке проведения судебного заседания — без исследования доказательств, так как подсудимый полностью признал свою вину.
Согласно материалам уголовного дела, помощник начальника службы ракетно-артиллерийского вооружения войсковой части Андрей Резанов был нанят за 1,5 миллиона рублей членами организованной преступной группы под руководством Ибрагима Гаджидадаева для совершения убийства дагестанского министра внутренних дел Адильгерея Магомедтагирова. Для этого 29 мая 2009 года Резанов предложил Дмитрию Долгих похитить со склада части специальный автомат для бесшумной стрельбы «ВАЛ», за что пообещал забыть о его долге в 50 тысяч рублей. Воспользовавшись халатностью прапорщика Жилина, Долгих, взяв его ключи, когда тот вышел в магазин за продуктами, проник на склад и похитил автомат. 5 июня 2009 года Резанов, используя украденное оружие, совершил убийство Магомедтагирова и сопровождавшего его начальника тылового подразделения МВД Дагестана Абдуразака Абакарова, а также ранил семерых полицейских. После этого орудие убийства было тайно возвращено обратно на склад. Кроме того, 6 февраля 2010 года Резанов приобрел у прапорщика Долгих боеприпасы — 22 специальных патрона для бесшумной стрельбы СП-4 калибра 7,62 мм, которые незаконно носил с собой, а впоследствии распорядился ими по своему усмотрению.
Сторона обвинения просила приговорить бывшего военнослужащего к 22 годам лишения свободы. Судья же Северо-Кавказского окружного военного суда назначил Резанову окончательное наказание по совокупности преступлений путем частичного сложения 15 лет лишения свободы с отбыванием в исправительной колонии строгого режима. Кроме того, подсудимый лишен воинского звания «лейтенант».
Скорее всего, защита не будет обжаловать приговор, однако мать осужденного не согласна с решением суда. «Мой сын ни в чем не нуждался, ему полагалось хорошее наследство — моя трехкомнатная квартира, двухкомнатная квартира его отца и жилплощадь его тетки. Эти 1,5 млн рублей ему были не нужны. Я на 100% уверена, что он никого не убивал, поскольку на момент преступления находился в отпуске в Пензе»,— цитирует слова матери осужденного газета «Коммерсантъ».
Окончательная точка в деле еще не поставлена. «В отношении неустановленных лиц расследование уголовного дела продолжается в рамках отдельного производства», — говорится на сайте Следственного комитета России. Следователям еще предстоит установить заказчика убийства.