Как считают в Фонде, основные угрозы для леса — рекреационное и хозяйственное освоение территории, приводящее к сокращению площади лесного массива и нарушению гидрологического режима реки Самур. Для сохранения этой уникальной экосистемы от верховий до дельты реки Самур включительно WWF предлагает создать национальный парк «Самурский».

Дельта реки Самур — участок каспийского побережья, где сохранился последний в России крупный массив реликтовых лиановых лесов. Здесь на площади около 8 тыс. га произрастают более 1000 видов растений, обитают около 450 позвоночных и десятки тысяч видов беспозвоночных животных, среди которых многие находятся под угрозой исчезновения. 65 видов позвоночных животных занесены в Красные книги России и Дагестана — черный аист, фламинго, кудрявый пеликан, орлан-белохвост и другие. 

В 2013 году на территории Самурского леса начали строительство водозабора для обеспечения питьевой водой Дербента. Но жители сел Магарамкентского района, расположенных вокруг леса, выступили против строительства, считая, что оно приведет к гибели лианового леса. В последние четыре года было организовано несколько акций протестов. Чтобы люди перестали митинговать, власти обещали приостановить работы, но вскоре они вновь возобновлялись.

Как писал лауреат премии фонда ОНФ «Правда и справедливость» Алик Абдулгамидов в «Новом деле» («Самурский заказник. Мокрое дело», «НД» №9 от 3 марта 2017 года), давление общественности заставило чиновников внести некоторые коррективы в прежние планы: в районе водозабора решено заполнить речной водой заброшенные карьеры — якобы для искусственного восполнения подземных вод. Для этой «операции» в бюджете очень оперативно даже нашли 45 млн рублей. А скважины для водозабора теперь, говорят, будут бурить на окраине леса, за формальными границами природного заказника. Однако такое тактическое «отступление» строителей не снимает остроту проблемы. Оппоненты строителей считают, что скважины, пробуренные за пределами заказника, будут выкачивать те же самые подземные воды, которые подпитывают Самурский лес.