После открытия Александрии Амр ибн аль-Аса (да будет доволен им Аллах) захотел сделать ее столицей Египта. Умар ибн аль-Хаттаб (да будет доволен им Аллах) приказал ему расселить коренных мусульман таким образом, чтобы между ними и между мусульманами, которые переселились в Египет, не было ни реки, ни моря. Амр выбрал местность, которое позже стало известно как аль-Фустат.
После того как был основан город, Амр (да будет доволен им Аллах) построил мечеть для проведения пятничной молитвы и других исламских ритуалов. После мечеть была названа его именем. С первых дней при мечети были созданы центральный аппарат власти и центр исламского призыва в Египте. Затем около мечети был построен город аль-Фустат, который являлся первой столицей исламского Египта. Город аль-Фустат стал стремительно расти после того, как туда переселились такие большие арабские племена, как Аслам, Бала, Муаз, Лейс, Ганза, Хузей и Адван. Так, город аль-Фустат стал новым городом в истории Египта.
За время своего двадцативекового существования мечеть Амра ибн аль-Аса подверглась массе разрушений и восстановлений, расширений, реставраций и перестроек.
Если изначально площадь мечети составляла 30 на 50 локтей (22,5 х 13,5 м) и имела шесть дверей, пол был сделан из мелкого камня, а стены из необожженного кирпича, то сегодня длина мечети составляет 120 м, а ширина 110 м (около 13200 кв. м).
В 53 году по хиджре во времена правления халифов Оммеядов площадь мечети многократно расширялась. Правитель Египта Муслим бин Мухаллад, наместник Муавийи ибн Абу Суфяна расширил мечеть и пристроил к ней четыре минарета. В последующие годы правители Египта продолжали непрерывно расширять храмовое строение.
Так, в 564 году по хиджре, во времена крестовых походов на мусульманские страны, городу аль-Фустат, в котором тогда находилась мечеть Амра ибн аль-Аса, грозила оккупация. Когда министр Шавар понял, что защитить город невозможно, то устроил пожар, который полностью уничтожил аль-Фустат, чтобы он не достался крестоносцам.
Огонь бушевал 45 дней.
После пожара герой-освободитель мусульманских стран от крестоносцев Салаху ад-Дин аль-Аюбий начал восстанавливать мечеть. Он пристроил к мечети михраб, обделал его мрамором и выгравировал на мраморе свое имя. В 568 году по хиджре мечеть была полностью восстановлена.
А в 1212 году по хиджре, во время правления османского халифата, лидер мамлюков Мурад-бей переделал внутреннее строение мечети, сократив число рядов колон с семи до шести и изменив ориентацию проходов. Он также построил два минарета, которые и по сей день украшают мечеть.
Окончание реставрационных работ пришлось на последнюю пятницу рамазана. В честь открытия мечети был накрыт стол и устроен праздник. Дата же окончания восстановительных работ была высечена на архитектурной доске над западными воротами, над большим и маленьким михрабами. С тех пор пошла традиция народного празднования последней пятницы рамазана.
Современный вариант мечети имеет большой двор, к которому ведут три двери с северной стороны. Первый заместитель министерства вакуфов Египта Шейх Махмуд Хабиб говорит: «В настоящее время мечеть Амра считается цитаделью культуры, призыва и распространения ислама и знаний с помощью разного рода мероприятий, будь это проповеди с минбара или уроки. Также наличие социальных программ в кварталах, расположенных вокруг мечети, в том числе комитет по сбору и раздачи закята, способствует наличию постоянной связи людей с этой мечетью».
Некоторые ученые, специалисты отмечают, что в прошлом в западной стороне мечети проводились судебные разбирательства религиозных и гражданских споров. Также при мечети Амра в Фустате существовало казначейство. Путешественник Ибн Руста писал, что казначейство находилось перед минбаром. Некоторые специалисты говорят, что оно не было основным государственным казначейством, а являлось лишь фондом помощи сиротам.
Нельзя не отметить, ведущую научную роль мечети Амра ибн аль-Аса. Достаточно сказать, что имам Шафии, Лейс ибн Саад и Абу Тахир Салафий давали в ней уроки, а шейх Изз ибн Абд аль-Салам читал проповеди.
Не меньшую гордость вызывает и то, что в 326 году по хиджре было 33 кружка, из которых 15 кружков шафиитов, 15 — маликитов и 3 — ханафитов. Впоследствии численность кружков возросла до 110. Если допустить, что каждый кружок состоял из 20 слушателей, то общее число студентов мечети Амра ибн аль-Аса превышало более двух тысяч студентов.
Также в 415 году в мечети был круг обучения и проповеди для женщин, одну из которых вела известная в свое время женщина Уммуль Хайр Хиджазия.